Seinen Kampf für das Gute führt Hellboy (Ron Perlman) im Auftrag der streng geheimen Behörde zur Untersuchung und Abwehr paranormaler Erscheinungen, kurz B.U.A.P.. Die Behörde wurde 1943 von Roosevelt gegründet und nutzt geheime Technologien, mysteriöse Kräfte sowie ein Netzwerk von übersinnlichen Mächten, um die Welt gegen das Böse zu verteidigen. Hellboy würde seine Zeit allerdings lieber mit einer Zigarre, einem Sixpack, seiner pyrokinetisch begabten Freundin Liz Sherman (Selma Blair) und ihren Katzen verbringen. Doch das Schicksal hält größere Aufgaben für beide bereit.
Der langjährige Waffenstillstand zwischen der Menschheit und den Söhnen der Erde ist gebrochen. Für Prinz Nuada (Luke Goss), den anarchischen Herrscher der Unterwelt, ist die jahrhundertealte Schonzeit für die Menschen vorüber. Er will eine schlafende Armee von Killermaschinen, die Goldene Armee. zu neuem Leben erwecken und so alle Kreaturen der magischen Welt befreien. Nur Hellboy kann den finsteren Herrscher noch stoppen und die Welt vor der Vernichtung retten.
Unterstützung bekommt Hellboy von seiner Feuer beherrschenden Freundin Liz und seinen Freunden des ersten Abenteuers, darunter der Tiefsee-Empath Abe Sapien (Doug Jones) und B.U.A.P.-Agent Tom Manning (Jeffrey Tambor). Neu im Team ist der Protoplasma-Seher Johann Krauss (verkörpert von John Alexander und Newcomer James Dodd), der mit seiner bürokratisch korrekten Art recht schnell mit Hellboy aneinander gerät.

Hellboy
Er wurde in den Flammen der Hölle geboren und kam als Kleinkind auf die Erde, um Verbrechen zu begehen. Hellboy wurde vom wohlwollenden Dr. Trevor Broom vor geheimnisvollen Nazi-Kräften gerettet und als denkbar untypischer Held erzogen. Einer der härtesten und stärksten Superhelden - und ein Katzenliebhaber obendrein - stellt sich nun dem Kampf gegen einen gnadenlosen Prinzen und seiner Armee. Er mag rot sein, Hörnern tragen und sich missverstanden fühlen, aber für diesen Job ist Hellboy der einzig Richtige. Als besondere Waffe verfügt der rote Kraftprotz in seiner rechten Hand über einen Vorschlaghammer, einen unzerstörbaren Stein am Unterarm. Sollte das nicht reichen, hat er noch „Big Baby“, einen Shotgun-Revolver, dessen Kugeln so groß sind wie Gläschen für Babynahrung.

Liz Sherman
Die pyrokinetisch begabte Liz Sherman nutzte ihre fantastischen Fähigkeiten erstmals mit elf Jahren und löschte dabei tragischerweise ihre ganze Familie aus. In der B.U.A.P. fand die schüchterne Liz eine neue Heimat - und in Hellboy die Liebe ihres Lebens. Endlich wurde sie nicht mehr als Freak verspottet, sondern als Heldin mit großen Talenten bewundert. „Das Feuer ist nicht mein Feind, es ist ein Teil von mir“, sagt sie, wenn sie bedrohlichen Gegnern ihre Flammen entgegenschleudert.

Abe Sapien
Der Tiefsee-Empath Abe Sapien ist fast 150 Jahre alt und kann durch seine brillanten Fähigkeiten die Vergangenheit und Zukunft von Objekten lesen. Die übermäßige Freundlichkeit des perfekten Gentlemen wird allein durch seine Leidenschaft für verrottete Eier übertroffen. Als Ichthyo Sapien benötigt Abe außerhalb von Wasser eine besondere Lunge. Abe hegt Gefühle für die geheimnisvolle Prinzessin Nuala, die nicht nur seine Geschenke schätzt, sondern seinen Sinn für Gerechtigkeit teilt.

Johann Krauss
Der Protoplasma-Seher Johann Krauss ist das jüngste Mitglied der B.U.A.P. und kann sich kurzzeitig die Kontrolle über mechanische und organische Objekte verschaffen. Er beherrscht die Kunst der Teleplastie und trägt einen dicken Spezialanzug. Johanns Fähigkeit, toten Objekten vorübergehend wieder Leben einzuhauchen, hilft Hellboy, Liz und Abe beim Kampf gegen die Kreaturen der Nacht.

Tom Manning
Spezialagent Tom Manning ist der Verbindungsmann zwischen FBI und B.U.A.P.. Er sorgt dafür, dass die Öffentlichkeit nichts von der Existenz dieser geheimen Gruppe von Superhelden erfährt. Er konnte erfolgreich etliche PR-Katastrophen für das Team abwenden bis es zu Hellboys Heldentaten in Manhattan kommt. Mit der Entlarvung der B.U.A.P. ist Mannings Job überflüssig geworden: Washington will, dass Johann Krauss das neue öffentliche Gesicht der bislang geheimen Behörde wird.

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